Fuerte de San Carlos de Ancud, Cabeza de fortificaciones de Chiloé
Dada la importancia estratégica para la Corona Española es que el 20 agosto de 1767 se funda por Don Carlos de Beranguer el fuerte San Carlos de Ancud, con el fin de ser parte del sistema defensivo San Carlos de Ancud, que además incluía las baterías de Punta Teque, el Fuerte San Antonio, la batería Campo Santo, la batería del Muelle y la batería de Puquillihue, que debían proteger de ataques de piratas y corsarios, ya sea ingleses u holandeses. Cabe recordar que, los holandeses invadieron y se apoderaron de Santiago de Castro en 1598.
Chiloé era una capitanía general diferente de Chile, y dependía directamente del Virreinato de Lima y no de Santiago. Ambas tenían gobernación y jurisdicciones diferentes y se encontraban separadas por el territorio mapuche con el que tenían frecuentes enfrentamientos.
De este modo Nueva Galicia, como se llamó inicialmente Chiloé contaba con sus propias autoridades incluso con su propio contingente militar y sistema de fuertes como el de San Carlos. Es importante destacar que este territorio tenía una extensión bastante más que la Isla de Chiloé, comprendía desde el Rio Bueno (Osorno) por el norte hasta el Cabo de Hornos, incluía el mar interior, sus múltiples islas, así como el territorio continental con la cordillera de Los Andes o Sierra Nevada como era conocida inicialmente y la actual Patagonia Argentina incluyendo las Islas Malvinas.