Don Manuel pertenecía a la aristocracia indígena ya que era descendiente de Huayna Capac. De niño viajó a España y se educó en el Real Seminario de Nobles de Madrid.
En su edad adulta trabajó como juez del Real Cuerpo de Maestranza y de Reos, fue Presidente de la Real Junta de Comercio e Intendente General del ejército. Al ser un descendiente legitimado de los incas recibía una renta de 12 000 reales, de las que tras su muerte gozó su hijo Andrés.