La primera y hasta ahora única mujer que ha gobernado la totalidad de este territorio llamado Perú se llamó Ana Francisca de Borja y Doria, condesa de Lemos. Gracias a la cédula real del 12 de junio de 1667, que permitía delegar oficialmente a la consorte el mando del virreinato, Ana de Borja pudo asumir oficialmente como gobernadora del virreinato del Perú a sus 29 años y estando embarazada, luego que su esposo tenga que apaciguar una sublevación en Puno.
El asunto más grave que tuvo que atender fue el ataque y saqueo de Portobelo (Panamá) perpetrado por el pirata Henry Morgan en agosto de 1668. La Virreina Gobernadora, envió con rapidez abastecimientos y pertrechos de guerra y, amparada en los amplios poderes recibidos por su esposo, el virrey, dispuso el ataque contra los piratas. Para evitar futuros ataques a otros puertos como Callao organizó una eficaz defensa que consiguió alejar de modo efectivo las amenazas de piratas y corsarios.
Doña Ana llevó a cabo tan bien su gestión que la propia Reina Leer más