El 24 de noviembre de 1604 se produjo un gran terremoto en la ciudad de Arica de 1604, el sismo ocurrió a la 1:30 de la tarde. Se estima que fue de magnitud estimado es de 8,0 a 8,5 Mw e incluso pudo ser hasta de 9,0 Mw, a decir por los grandes daños causados; así como por el tsunami que posteriormente destruyó Arica y causó grandes daños incluso en Arequipa. Más de 1.200 km de costa se vieron afectados por el maremoto. Los efectos registrados de este terremoto son muy similares a los del evento de Arica de 1868. Se han identificado depósitos de tsunamis en las islas Chatham (Nueva Zelanda) que probablemente hayan sido causados por un tsunami transpacífico causado por este inmenso terremoto de 1604.
Se estima que hubo entre 1200 a 1700 fallecidos, con olas de 16 metros de altura y más de 10 kilómetros de inundación, en la zona se encontraba un fuerte artillado el cual fue destruido totalmente. Las autoridades Virreinales del puerto impulsaron rápida recuperación debido a la importancia de la ciudad. Leer más
Era el puerto natural de Santiago, pero no fue hasta 17 de abril de 1791 que el Gobernador de Chile el Barón de Ballenary Don Ambrosio O’Higgins fundó el cabildo porteño. Uno de los múltiples cerros que protegen la bahía, el cerro Barón lleva ese nombre en honor al fundador del municipio.
No fue hasta 1802, que el Rey de España le diera el título de «Ciudad de Nuestra Señora de las Mercedes de Puerto Claro», en honor a su patrona, que aparece en el escudo oficial. También es conocida como la «Joya del Pacifico», o como «Pancho» por los marinos en alusión a la torre de la iglesia de San Francisco que se divisa entrando en la bahía. 
Conocido como el Cristo de Mayo, es un venerado crucifijo de madera policromada con la imagen del Señor de la Agonía. Fue realizado por Fray Pedro de Figueroa de la orden de San Agustín en 1613, es icono del arte sacro de estilo barroco.
Años después, el 13 de mayo de 1647 se produce un violento terremoto en la zona central, se estima que debió ser 8.5° Richter, debido a la magnitud y alcance de los daños producido puesto que destruyo ciudades enteras, y se calcula que hubo más de 1000 muertos. En Santiago, todo cayó al suelo exceptuando parte de la Iglesia de San Francisco y algunos muros de la Iglesia de San Agustín incluyendo el que sostenía al Señor de la Agonía, se dice quela oscuridad era total salvo los cirios que iluminaban al crucifijo entre las ruinas de la ciudad y los gemidos y llantos, la población se volcó con rezos a la imagen sacra.